DNA序列分析
DNA序列分析是指將獲得的DNA序列與標準核酸序列進行比對及系統發育分析，進而結合判定標準進行微生物種屬鑒定的過程。常用的DNA序列分析包括16S rDNA、26S rDNA、ITS rDNA、持家基因序列、全基因組序列分析等，可用于微生物細菌、酵母和絲狀真菌（霉菌）等的鑒定。
16S rDNA序列分析
16S rDNA是細菌系統分類學研究中最常用的分子標記基因，既含有高度保守區域，又有中度保守和高度變化區域，適用于進化距離不同的各類細菌親緣關系的研究，16S rDNA序列分析是細菌屬和種水平鑒定的常用方法。
持家基因序列分析
持家基因（House-keeping gene）又稱“看家基因”、“管家基因”，是維持細胞最低限度功能不可或缺且能夠穩定表達的基因，可用于微生物分類單元的確定，尤其是通過rDNA難以鑒定時，持家基因序列可分析發揮重要作用。
ITS rDNA序列分析
ITS（翻譯間隔區，internal transcribed space），ITS1位于18S和5.8S rDNA之間，ITS2位于5.8S和28S rDNA之間，ITS1和ITS2常被合稱為ITS，5.8S rDNA基因位于ITS1和ITS2之間。ITS rDNA序列屬于中度保守區域，表現為種內相對一致，種間差異比較明顯，序列片段較小，易于分析，目前已被廣泛應用于真菌屬內不同間或近似屬間的系統發育研究。
全基因組序列分析
全基因組序列（Whole genome sequence）指生物體細胞內所有遺傳物質的堿基組成。通過高通量測序技術可獲取微生物的全基因組序列，并進一步開展物種鑒定、菌株分型、功能挖掘及安全性評價等分析。隨著測序技術迅速發展，測序成本不斷下降，全基因組序列分析的應用日益廣泛，并相繼進入食品、藥品與飼料等領域新出臺的法規和指南中。與傳統的微生物鑒定方法相比，全基因組序列分析的分辨率高、準確，已成為分子生物學實驗室的常規技術之一。
