質(zhì)譜
質(zhì)譜技術(shù)的基本原理是樣品分子離子化后，根據(jù)不同離子間的荷質(zhì)比（ m/e ）的差異來(lái)分離并確定分子量。其原理并不新鮮，但是在 80 年代早期出現(xiàn)的兩種新的離子化技術(shù)，使質(zhì)譜從僅能分析小分子揮發(fā)物質(zhì)到可以研究生武打分子， 80 年代末又發(fā)明了兩種更新的離子化技術(shù)，一種是介質(zhì)輔助的激光解吸 / 離子化（ matrix-assisted laser desorption/ionization ， MALDI ），另一種是電噴霧離子化（ electrospray ionization ， ESI ）。這些技術(shù)能快速而極為準(zhǔn)確地測(cè)定生物大分子的分子量；在結(jié)合各種新的質(zhì)譜分析技術(shù)，便可以在各種水平上研究蛋白質(zhì)，為蛋白質(zhì)研究開(kāi)辟了新的道路，是蛋白質(zhì)組研究從蛋白質(zhì)深入到高級(jí)結(jié)構(gòu)研究，以及各種蛋白質(zhì)之間的相互作用研究。
另外，對(duì)于蛋白質(zhì)和多肽，質(zhì)譜的發(fā)展還有一個(gè)重要的用途是肽的測(cè)序。這是采用串聯(lián)質(zhì)譜（ Tandem-MS ），即在第一級(jí)質(zhì)譜得到肽的分子離子 , 選取目標(biāo)肽的離子作為母離子，與惰性氣體碰撞，使肽鏈中的肽鍵斷裂，形成一系列離子，即 N 端碎片離子系列（ B 系列）和 C 端碎片離子系列（ Y 系列），將這些碎片離子系列綜合分析，可得出肽段的氨基酸序列。最近， Wilm 等應(yīng)用納噴串聯(lián)質(zhì)譜（ nano-electrospray tandem mass spectrometry ）能在較低的 fmol 量上測(cè)得肽段序列。在 MALDI-MS 方面，近年來(lái)可用源后衰變 - 基質(zhì)輔助激光解吸離子化質(zhì)譜（ post-source decay MALDI-MS ， PSD-MALDI-MS ）技術(shù)測(cè)得肽序列。
與上述方法測(cè)肽序列不同， Chait 等發(fā)展一種稱(chēng)為“ protein ladder sequencing ”的方法，通過(guò)對(duì) Edman 降解法的修改，產(chǎn)生一系列截去 N 端殘基的肽段，用 MALDI-MS 測(cè)得這些肽段的質(zhì)量，從而推測(cè) N 端序列。 Patterson 等利用羧肽酶 Y 酶解法并結(jié)合 MALDI-TOF MS 質(zhì)量分析法同樣測(cè)得了 C 端得肽序列。 Mann 等用串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)分析肽段可得到這樣的信息： N 端段質(zhì)量、 C 端段質(zhì)量和中間少數(shù)幾個(gè)殘基的序列，稱(chēng)為“肽序列標(biāo)記”（ peptide sequence tag ， PST ），并認(rèn)為這樣的標(biāo)記比部分肽序列信息在查庫(kù)時(shí)更具限制性。
質(zhì)譜法有不少優(yōu)點(diǎn)，還能用于翻譯后修飾的分析（糖基化、磷酰化），但目前只適用于 20 個(gè)氨基酸以下的肽段。此外，還存在固有的局限性，譬如 Leu 和 Ile 、 Lys 和 Gln 不能區(qū)分，有些肽的固有序列不能用質(zhì)譜法測(cè)定。
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