RNA芯片
人類染色體上基因序列測定的結果提示人類基因組中基因的數量可能要遠遠小于以前的推測,也提示基因功能可能存在多樣性。研究一個基因在不同的組織中的表達情況有助于了解基因功能的多樣性。想研究某個基因在人體內各種組織中的表達情況,RNA芯片將是最合適的選擇。
這種芯片是真正的芯片,玻璃片基,上面點有從總共124種胎兒、成人組織(含20種腫瘤細胞株)中提取的高質量的mRNA。
只要將待檢測的基因制備成探針,與RNA芯片進行一次雜交,即可得到這個基因在124種組織細胞中的表達狀況。如果用不同顏色的熒光標記探針,還可以同時在同一張片上檢測到兩個基因(比如一個目的基因、一個作對照的管家基因)在這些相同的組織中的表達情況。
這樣就不用象同位素檢測那樣需要在樣品雜交后再洗脫探針、用看家基因探針重復雜交來確定實驗結果的可靠性。
這種芯片和cDNA芯片的不同之處在于(以Atlas cDNA Glass Array為例):cDNA Array上每個點代表一個基因(芯片上的點數代表基因的數目,可能成千上萬),實驗人員將兩種待檢測樣品(比如正常的和腫瘤組織)的總核酸制備成探針,分別與兩張Array進行雜交,比較兩個雜交結果,即可得到兩種樣品中1000多個已知基因的表達差異情況,這種差異能為我們研究樣品之間的表形差異提供線索。而RNA芯片正相反,每個點代表一種組織的所有的mRNA(芯片上的點數代表組織的種類數目,不可能太多),使用時將待檢測的某個(或者兩個不同顏色標記的)基因片斷制備成探針,與芯片雜交即可得到這個基因在100多個組織中的表達分布情況,這種信息可以幫助我們了解這個特定的基因的潛在功能,建立這個基因的表達模式,了解應該選擇哪些組織以獲取全長cDNA、進行原位雜交以了解更詳細的空間表達信息等等。
利用RNA芯片只需要3個小時左右即可得到完整的結果,靈敏度高,即使是以往只有同位素能檢測出來的低豐度的基因也能夠被檢測出來(例如占mRNA不到0.001%的乳鐵傳遞蛋白(Lactoferrin)mRNA)。RNA芯片上的mRNA經過6個不同的看家基因進行嚴格的均質化(Normalization),足以保證根據實驗結果對某個特定的mRNA存在與否及相對豐度能夠得出準確的結論。
試劑 盒提供了兩張RNA芯片,以及全套所需 試劑 及RNA芯片雜交專用試劑盒(標記物除外)。對于需要用 同位素 檢測的用戶,兩張片足夠完成一個樣本一個對照,而選用雙色熒光標記檢測,這個試劑盒可以檢測兩個樣本及其對照。
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