lncRNA研究策略與技術(shù)
研究背景：
長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一類不編碼蛋白的RNA分子，長度在200 bp以上，起初被認(rèn)為是RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物，不具有生物學(xué)功能；近期的研究表明lncRNA具有保守的二級結(jié)構(gòu)，可以與蛋白、DNA和RNA相互作用，參與多種生物學(xué)過程的調(diào)控，尤其在腫瘤當(dāng)中發(fā)揮了重要的調(diào)控角色，如染色質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)錄激活和抑制、轉(zhuǎn)錄后調(diào)解以及作為miRNA的誘導(dǎo)分子干擾基因的表達(dá)等。
隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，越來越多的lncRNA被注釋，但是絕大多數(shù)的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常廣闊的未知領(lǐng)域，具有極大的研究價值和意義。
案例解讀：
案例(一)RNA seq發(fā)現(xiàn)lincRNA
1. 2011年，Rinn研究小組對24種組織樣本進(jìn)行RNA測序發(fā)現(xiàn)了8000多個人的lincRNA
2. lincRNA的表達(dá)具有組織特異性
案例(二)lncRNA可以成為各種腫瘤的生物標(biāo)志物
2012斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院研究人員進(jìn)行首個大型的癌癥lncRNA表達(dá)譜分析。對64個腫瘤樣品高通量測序，在各種腫瘤類型之間找出差異表達(dá)的1065個已知的以及1072新的lncRNA。
案例(三)lncRNA表達(dá)譜芯片結(jié)合lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)篩選關(guān)鍵lncRNA
第二軍醫(yī)大學(xué)的研究人員利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的時間點，針對肝臟再生過程進(jìn)行了全基因組lncRNA芯片表達(dá)譜分析。通過lncRNA和mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析找到了一個非常有意義的長鏈非編碼RNA(lncRNA-LALR1)，并結(jié)合體內(nèi)外實驗證實在肝再生過程中l(wèi)ncRNA-LALR1通過激活Wnt/β-Catenin信號加速細(xì)胞周期進(jìn)程，促進(jìn)了肝細(xì)胞增殖。因此采用藥物干預(yù)靶向lncRNA-LALR1誘導(dǎo)肝臟再生，有可能有益于肝衰竭和肝移植治療。
