miRNA表達譜--腫瘤的生物標記物
2009年9月15日,Sanger microRNA序列數據庫(miRBase)(http://www.mirbase.org/)升級至14.0版。新增1580條miR序列。至此,miRBase中的microRNA序列信息已超過10,000條。14.0版本共收錄10,581條成熟miRNA序列信息,通過驗證的microRNA發夾前體從9,539條增至10,883條,共涵蓋115個物種。收錄于miRNA序列數據庫的miRNA序列數量越來越多,有關miRNA研究的文章和出版物也層出不窮,由此表明,miRNA的研究已經成為目前生命科學領域最重要的研究課題之一。
更為重要的是科研工作者的研究必須與迅速增長的microRNA數據庫保持一致,這是確保研究者不錯失相關信息的關鍵。獲得miRBase最新數據更新是確保完成miRNA表達譜系分析的唯一途徑。對生物標記物研究來講,評估單個miRNA起著重要的作用。在疾病診斷方面,進行miRNA獨特生物標記的多重分析,對于疾病(例如癌癥)的分類或預后有重要意義。
然而,一個單獨的生物標記物往往在特異性及靈敏度方面受限,而miRNA表達譜具有高特異性,因此它可以反映腫瘤的進化譜系和分化。這樣,為了將miRNA作為診斷標記,有必要對其進行多樣性分析。由于高通量技術的使用例如微點陣分析,能夠區分單個miRNA,并可以高度精確性地完成miRNA標簽信息的收集。
最近,與德國癌癥研究中心(DKFZ)合作的,德國Febit公司通過應用Geniom生物芯片系統,發現在胰腺癌病例存在有miRNA生物標記物(和文獻報道一致)。應用微點陣觀察結果顯示,與從較老版本的miRNA序列數據庫獲取資料相比,使用升級版本數據庫(12.0版本代替11.0版本)能夠多獲得25%的信息。在借助生物標記物來評估胰腺癌的過程中,使用了新的miRNA,而這種miRNA只能從12.0版本的miRNA序列數據庫獲得。這也說明生物醫藥應用與不斷增長的數據資料保持一致的重要性。
Geniom生物芯片提供研究者最新的miRNA生物芯片。微流體微點陣系統,具備靈活性以迅速地適應新的序列信息。基于最新數據資料,最佳化的捕獲探針的合成,是直接在生物芯片的微通道內完成的,從而保證了芯片的生產和最新microRNA同步的獨一無二優勢。吉奧生物和德國Febit聯合推出了和Sanger miRBase 14.0同步的miRNA表達譜芯片。
如果需要,Geniom生物芯片探針能夠很容易地根據研究人員的需要而定制。樣本檢測所需時間短,能夠迅速提供可以直接用于發表的數據,因此在競爭激烈的的生物醫藥研究領域,具有不可替代的地位。
什么是miRNA(microRNA)?
miRNAs是一類內源性、約22個核苷酸長度的非編碼RNA,具有穩定的特異性序列以調節基因表達。2001年,miRNAs作為線蟲生長發育過程中的調節器而被發現,在病毒、植物和動物體中,miRNAs已被公認為主要的調控基因家族之一,通過mRNA靶向作用降解或抑制其翻譯。
與蛋白編碼基因譜相比,用miRNA表達模式來劃分癌癥類型的可靠性出乎意料(Lu et al.,2005;Rosenfeld et al.,2008)。此外,在常規收集的、福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)的臨床組織標本中,miRNAs的表達具有特異性和穩定性,更進一步證明其作為診斷性生物標記的巨大潛能(Li et al., 2007)。
在哺乳動物基因組中,約有70%的miRNA基因定位于特定轉錄單位。他們經常存在于蛋白編碼基因的內含子處,并且優先排列在與其具有相同靶mRNA的結構處(Kim and Nam,2006)。另一種情況,miRNA基因可能定位于非編碼轉錄單位的內含子或外顯子處。組織特異的miRNA表達的調控至今沒有完全闡明。