siRNA Oligo設計原則

1．希望軟件可以在 web 上使用。即用戶可以訪問我們的網站，輸入基因代碼，即可自行在網上設計 siRNA Oligo 。

2．可參照的軟件形式.

3．希望能就每一個所指定的基因找到至少四對以上可合成的雙鏈 RNA oligo 。

4．軟件設計中的幾個關鍵步驟如下：

A ．進入 Gene Bank 調出指定基因序列；

B ．根據特定的一些規則選出一個基因片段；

C ．再根據一些規則寫出正義和反義兩段各 21 個堿基的序列；

D ．最后通過反轉，替代，空格得出最后結果。

具體設計原則：

1．在所選基因的啟動子后 50-100 個堿基自 5’- 端開始

2．尋找基因序列中的 23 個堿基，最好是 5 ‘ - AA （ N 19 ） TT -3’ （ N 是任何堿基）

3．如果找不到四個以上 AA （ N 19 ） TT ，則用 AA （ N 21 ）補足。

4．如果找不到四個以上 AA （ N 21 ），則用 NA （ N 21 ）補足。

5．所選定序列中， G 和 C 的數目的總和在總數（ 23 ）的 35-55%.

6．滿足以上 1-5 項要求的片段數目如果不足四個，將 G 和 C 的數目的總和放寬至總數（ 23 ）的 30-70%.

7．選好上述序列后，以此確定所需合成雙鏈 RNA oligo 的序列如下：

8．正義序列（ N 19 ） TT 與上述選定的 23 個堿基序列中的第 3-23 個堿基相同

9．反義序列的 3’----5’ 的序列與目標序列中的第 1-21 個堿基互補，即 A 變成 T ， C 變成 G ， T 變成 A ， G 變成 C 。

10．將反義序列 3’----5’ 改寫成 5’----3’。

11．將最后所得序列中除 3’- 末端的兩個堿基之外的所有堿基中的 T 都用 U 來替代。最后每三個組成一個字節，中間斷開。

12．將所選定的正義序列和反義序列與 gene bank 中已知同物種的基因序列進行比較，確定其唯一性（ B LAST ）。

13．上述 7-10 項可見如下例子：

假如通過 1-5 項的條件選出的一段 23 個堿基的序列是

5’- AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

正義序列就應該是： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

反義序列就應該是 : 3’- TTCGATCAGTACCGGTAACTG -5’

反轉處理后即得：

正義序列： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

反義序列： 5’- GTCAATGGCCATGACTAGCTT -3’

U 替代 T 以后得到：

正義序列： 5’- GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT - 3’

反義序列： 5’- GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT -3’

段開字節后最后得到：

正義序列： 5’- GCU AGU CAU GGC CAU UGA CTT - 3’

反義序列： 5’- GUC AAU GGC CAU GAC UAG CTT -3’