siRNA對照解析

A．普通陰性對照  

1.siRNA實驗應(yīng)該有陰性對照；

2.通用陰性對照為與目的基因的序列無同源性的普通陰性對照；

3．Scrambled陰性對照和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒有明顯的同源性；

4．陰性對照需要確定和目的靶細胞中其它基因同源性很低。

B．熒光標(biāo)記陰性對照  

1. RNAi negative control與哺乳動物基因無同源性；

2.通過標(biāo)記熒光，可以方便地在熒光顯微鏡下觀察轉(zhuǎn)染情況；

3.可用于優(yōu)化轉(zhuǎn)染條件和評價轉(zhuǎn)染效率；

4.具備很好的pH耐受性，在活細胞中更穩(wěn)定。

C．siRNA陽性對照   

陽性對照作為一個實驗系統(tǒng)檢查是很重要的。您可以利用陽性對照來確認RNAi實驗中轉(zhuǎn)染、RNA提取和基因表達檢測方法是可靠的。

siRNA陽性對照較為常用的如下：

1  LaminA/C

2  GFP22

3  Luciferase GL2

4  MAPK1

5  Beta-Actin

6  Vimentin

7  P53

8  GAPDH

9  Cyclophilin B

D．轉(zhuǎn)染試劑對照  

對于一個完善的對照系統(tǒng)，轉(zhuǎn)染試劑對照(Mock transfection )是不可缺的。轉(zhuǎn)染試劑對照可以檢測轉(zhuǎn)染試劑對細胞的毒性、細胞的成活率等細胞轉(zhuǎn)染的各個因素影響。

E．避免Off-target對照

對于RNAi研究來說，在哺乳動物中，off-target效應(yīng)是一個十分關(guān)注的問題。有大量的報道，一個siRNA影響多個基因的表達。因此，大量研究關(guān)注于用針對同一個基因的不同區(qū)域的多個siRNA進行實驗，然后分析各自對基因表達效果的影響。理想的結(jié)果是針對不同區(qū)域的siRNA對同一個靶基因產(chǎn)生相似的干擾效果。