改良熱硼酸鹽法提取RNA
(1)取3 g樣品,加入10% 樣品重的多聚聚乙烯吡咯烷酮(PVPP),用液氮研磨成細粉狀,將細粉分為每份約3 g,并貯藏于-80℃下。
(2)在50 ml falcon管中加入20 ml提取緩沖液。提取液的組成為0.2 mol/L 脫水四硼酸鈉(sodium tetriborate decahydrate)、30 mmol/L 乙二胺四乙酸(EDTA)、1% (W/V)十二烷基硫酸鈉(SDS)、1%脫氧膽酸鈉鹽。
再加入0.0309 g二硫蘇糖(DTT)、200 ul乙基苯基聚乙二醇(NP-40)和0.4 g聚乙烯吡咯烷酮(PVP-40),并置于80℃下平衡15 min。
取出于-80℃中保存樣品,加入熱平衡后的提取緩沖液,振蕩混勻。再加入800 ul蛋白酶K(20 mg/ml ),蓋好管蓋,平放于轉速為120 r/min 、溫度為42℃搖床上,搖動提取1.5 h。
(3)之后,向樣品管中加人1.6 ml 2 mol/LKCl,振蕩混勻,將樣品管置于4℃條件下1~1.5h。將提取液轉移至玻璃離心管中,在4℃條件下以12 000×g離心20 min。取上清液置于新的玻璃離心管中,加入1/4(或1/3)體積8 mol/L LiCl(~20℃),振蕩混勻,于4℃放置過夜。
4℃下以12 000×g離心20 min,去除上清液,RNA沉淀滯留于管底。加入3~5 ml冷的2 mol/L (4℃)LiCl,輕緩振蕩,4℃下以12 000×g離心10 min,去除上清液。重復2 mol/L LiCl清洗2~3次,直到上清中無色素類物質。
(4)用2 ml 10 mmol/L。Tris-HCl(pH 7.5)充分溶解沉淀,4℃下以12 000×g離心10 min,去除不溶性的沉淀,將上清液轉移至15 ml玻璃離心管中,加入200 ul(1/10體積)的2 mol/L 醋酸鉀(pH 5.5)。于4℃溫浴中放30 min。4℃下以12 000×g離心10 min。
將上清液轉移至新的玻璃離心管中,加入2.5倍體積的100% 乙醇,搖勻并置于-80℃條件下沉降RNA 1~2 h。
(5)4℃下9 800×g離心30 min,去除上清液,RNA沉淀滯留于管底。用1~2 ml 70%冷乙醇(-20℃)清洗沉淀,4℃下9 800×g離心5 min,去除上清液。室溫下干燥RNA沉淀(20~30 min)至管內無水珠。
(6)用200 ul經過焦碳酸二乙醇(DEPC)處理的超純水充分溶解沉淀。溶解液完全轉移至1.5ml離心管中,再用100 ul經過DEPC處理的超純水清洗原管壁和管底,將清洗液合并于RNA溶解沉淀中,加入1/10體積3 mol/L 醋酸鈉(pH5.2)和2.5倍體積的100% 冷乙醇,混勻后放置于-20℃沉降RNA 1 h。
混合液在4℃下以16 000×g離心30 min,去除上清液,用1~2 ml 70% 冷乙醇(-20℃)清洗管底滯留的RNA沉淀,4℃下以9 800×g離心5 min,去除上清液,RNA沉淀滯留管底。
(7)RNA沉淀于室溫下干燥20~30 min。用適量經過EDPC處理的超純水(100~300 ul)溶解RNA沉淀,RNA液置于-80℃條件下可長期保存,或用于分析。