ESTs定義

ESTs（Expressed Sequence tags）是從已建好的cDNA庫(kù)中隨機(jī)取出一個(gè)克隆，從5’末端或3’末端對(duì)插入的cDNA進(jìn)行一輪單向自動(dòng)測(cè)序，所獲得的約60-500bp的一段cDNA序列。
ESTs的產(chǎn)生：從特定的狀態(tài)的組織或細(xì)胞中分離mRNA，將mRNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA亞克隆到載體中，利用載體上的引物對(duì)插入片段測(cè)序測(cè)序出來(lái)的片段結(jié)果即稱為ESTs(expressed sequence tags)。

EST 的產(chǎn)生過程注定其具有以下特性：
1、由于是單次測(cè)序結(jié)果，序列的精確度較低，存在較多錯(cuò)誤。(大約2% error，HGP 錯(cuò)誤率標(biāo)準(zhǔn)是<0.01%)；
2、重復(fù)結(jié)果多，不同EST‘s t往往來(lái)自同一個(gè)基因；
3、大部分EST序列來(lái)IMAGE consortium
IMAGE consortium的序列在Washington university的基因組測(cè)序中心測(cè)序，占GENEBANK中EST庫(kù)的大半，較為可靠。大部分dbEST都有IMAGE ID，描述其組織或細(xì)胞來(lái)源，測(cè)序情況。由于這些特性，導(dǎo)致目前EST面臨的最大問題是序列質(zhì)量不高，存在：
1、缺失、替代、插入等變異（與mRNA相比）；
2、測(cè)序中的錯(cuò)誤引發(fā)大約1.5%的利用oligoT產(chǎn)生的EST無(wú)法與已知的mRNA的3端比對(duì)上；
3、倒置（5端和3端弄反，插入克隆載體時(shí)出錯(cuò)）；
4、嵌合EST（5端和3端來(lái)自不同mRNA）因此，在對(duì)EST做Blast時(shí)最好用BlastX和Tblastx。
        了解了上述特點(diǎn)及問題后，有利于我們更好地應(yīng)用ESTs。