基因芯片樣品制備
一般說來應用 DNA 芯片進行實驗包括 5 個過程：生物學問題的提出和芯片設計；樣品制備；生物雜交反應；結(jié)果探測；數(shù)據(jù)處理和建模。
1 ．樣品制備。一般所需 mRNA 的量是以一張表達譜芯片需要 3μg mRNA 計算的
不同組織抽提 3 － 10μg mRNA 所需組織量
器官 / 組織 * | 提取 3μgmRNA 所需組織量 ( 克 ) | 提取 10μgmRNA 所需織量 ( 克 ) | 總 RNA 得率 [ 單位 : 毫克 RNA/ 克組織 ] | mRNA 所占百分比 [%] | |
成人正常組織 | 肝 | 0.2083 | 0.6944 | 1.80 - 1.80 mg/g | 0.80 |
成人正常組織 | 腦 | 缺數(shù)據(jù) | 缺數(shù)據(jù) | 1.30 - 1.30 mg/g | 缺數(shù)據(jù) |
成人正常組織 | 肺 | 0.3000 | 1.0000 | 1.00 - 1.00 mg/g | 1.00 |
成人正常組織 | 心 | 0.5000 | 1.6667 | 0.60 - 0.60 mg/g | 1.00 |
成人正常組織 | 胃 | 0.1852 | 0.6173 | 2.70 - 2.70 mg/g | 0.60 |
成人正常組織 | 喉 | 0.3125 | 1.0417 | 1.20 - 1.20 mg/g | 0.80 |
病理組織 | 結(jié)腸癌 | 0.2521 | 0.8403 | 1.70 - 1.70 mg/g | 0.70 |
病理組織 | 胃癌 | 0.4317 | 1.4388 | 0.50 - 0.50 mg/g | 1.39 |
病理組織 | 空腸腺癌 | 0.3571 | 1.1905 | 1.40 - 1.40 mg/g | 0.60 |
病理組織 | 直腸癌 | 0.1604 | 0.5348 | 1.70 - 1.70 mg/g | 1.10 |
病理組織 | 肝癌 | 0.1116 | 0.3720 | 3.84 - 3.84 mg/g | 0.70 |
病理組織 | 肺癌 | 0.1282 | 0.4274 | 2.00 - 2.00 mg/g | 1.17 |
考慮到個體差異以及樣品在研磨、勻漿等過程中的損失，客戶提供的樣品量應在上述基礎(chǔ)上增加 1-2 倍。
2 樣本采集過程關(guān)鍵點．
組織標本采集操作建議規(guī)程 ,( 取標本所需關(guān)鍵器材和處理要求 )
鋁箔 | 經(jīng) DEPC 水浸泡過夜， 78°C 烘干，高壓滅菌后烘干 |
1.5 ml 微離心管 | 市場有售 RNAase-Free 的相應規(guī)格離心管 |
標簽紙 | |
記號筆 | |
樣品登記表 | 由客戶指定專人填寫 |
液氮罐 | 應常備液氮罐，并保證液氮的來源 |
取材部位的病理切片 | 由客戶提供 1-2 張 |
注：
· 以下步驟 1 － 5 應在冰上進行且不超過 15 分鐘，超過時間會導致樣品的 RNA 降解。
· 對腫瘤組織的取材，要求盡可能準確地判定腫瘤和正常組織，例如對于手術(shù)切除的整個或部分前列腺，可能要根據(jù)冰凍切片報告的結(jié)果來判定要進行研究的取材部位。
1 離體新鮮組織，切成多個 1cm3 小塊，剔除結(jié)締組織和脂肪組織。胃、腸組織應剪除外膜；肝、腎、脾應剪除門部血管神經(jīng)，腫瘤組織應將周圍的正常組織切除干凈（正常組織也應將周圍的腫瘤組織切除干凈）。
2 在 RNase-Free 0.9 ％生理鹽水中漂洗樣品，以去除血漬和污物。
3 用鋁箔包裹組織，或用 5ml 凍存管裝載組織 ( 但最好統(tǒng)一采用鋁箔 ) 。用記號筆在鋁箔或凍存管外表寫明樣品編號，并貼上標簽，迅速投入液氮冷卻。
4 填寫樣品登記表，寫明樣品名稱、種類、編號、取樣日期、樣品處理情況等
將液氮冷卻的組織放入樣品袋（每個樣品袋只保存同樣的組織），袋口留一根編號繩，繩上粘一張標簽紙（標簽上注明：樣品名稱、編號、日期），迅速轉(zhuǎn)入便攜式液氮罐
5 保留 1-2 張取材部位的病理切片。
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