CRRSPR/Cas9基因敲除系統之sgRNA設計
sgRNA設計網站介紹
sgRNA的在線設計網站有:
1、http://crispr.mit.edu/ ;
2、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/;
等網站。這些網站雖然一定程度上滿足了部分研究 者的需要,但仍然存在很多不足和缺陷。例如:
1、數據分析周期長;
2、無具體的脫靶數據;
3、可供選擇物 種十分有限。
極大的影響了科研工作者的工作效率。鑒于此Biomics及時推出了本地化運行sgRNA軟件設計服務,2個工作日內可給出sgRNA設計結果,包括詳細的off‐target數據,且不限物種,提高科研工作效率!
設計要點
一、設計選項
1、基因信息或基因ID;
2、種屬信息;
3、Cas9/sgRNA類型,比如spCas9 nickase需要設計一對sgRNA;
4、CRISPR類型,例如敲入、敲除、抑制、激活;
5、PAM類型,NGG或者NAG等。
二、基因敲除設計思路
1、根據相應基因及種屬信息,在NCBI或ENSEMBLE中進行查找,并明確CDS的外顯子部分;
2、確定待敲除位點,對于蛋白編碼基因,如果該蛋白具 重要結構功能域,可考慮將基因敲除位點設計在編碼該 結構域的外顯子;如果不能確定基因產物性質,可選擇將 待敲除位點放在起始密碼子ATG后的外顯子上。如果是microRNA, 可以將待敲除位點設計在編碼成熟microRNA的外顯子或在 編碼成熟microRNA的外顯子的5’和3’側翼序列。
Biomics本地化設計軟件
一、潛在靶點輸出
百奧邁科sgRNA 設計軟件數據輸出包括sgRNA靶點序列,靶點全基因組潛在脫靶分析、外顯子等信息。
二、脫靶數據分析
盡管現有sgRNA設計軟件總結了一些規律,但仍然非常有限,因此預測sgRNA 的敲除效率仍然不盡如人意。Biomics sgRNA設計軟件主要關注避免Cas9脫靶效應,以確保成功設計的sgRNA盡可能的減少脫靶效應。在此基礎上通過試驗篩選設計的sgRNA靶點,選擇敲除效率高的sgRNA靶點用于最終的下游試驗。