RNA抽提:加入異丙醇沉淀離心后出現(xiàn)的油滴類似物
最近利用trisol(Qiagen公司)進(jìn)行肝臟病理標(biāo)本RNA抽提,按照試劑的說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作:取小于50mg的RNAlater(Sigma公司)保存的樣本,置于1ml的trisol中勻漿;
勻漿結(jié)束后室溫放置5min左右,加入200ul氯仿,以振蕩器劇烈震蕩15秒混勻,室溫或冰上(此處各家說(shuō)法不一,我自己測(cè)試好像沒(méi)有發(fā)現(xiàn)很大差異)放置5-10min;4度,12000g離心15min,吸取上清至新的1.5ml離心管中;在上清中加入等體積(一般加500ul)的異丙醇,顛倒混勻,室溫靜置5-10min;
4度離心,12000g,10min;此時(shí)應(yīng)該出現(xiàn)一小片白色沉淀,緊貼管壁,去掉上清;加入1ml 75%乙醇洗滌,再次12000g離心(此處標(biāo)準(zhǔn)protocol為7500g,但我們一般用12000g)10min;小心去掉上清,晾干后加入50ul的DEPC 水并水浴促溶。整個(gè)過(guò)程就是這樣。
現(xiàn)在問(wèn)題是:在加入異丙醇后,原先是先出現(xiàn)乳白色的渾濁層,在顛倒混勻后,液體又回復(fù)澄清狀,而現(xiàn)在是顛倒混勻后不能回復(fù)澄清狀態(tài),而是呈現(xiàn)乳濁液,離心后,在試管底部會(huì)發(fā)現(xiàn)看起來(lái)類似油滴狀的東西,白色或者帶點(diǎn)黃色,其體積跟樣本的量是成大概正比的關(guān)系。
只要出現(xiàn)了這種東西,樣本產(chǎn)生的RNA沉淀就無(wú)法貼壁,只有對(duì)著燈光,把油狀物搖散了才能夠看到里面的RNA沉淀,有時(shí)還會(huì)影響沉淀的形成,只有通過(guò)多次離心才能析出沉淀,昨天做的其中有三管離心離了三次才出沉淀,加起來(lái)有45min。這種東西乙醇清洗也不能去除,洗完后體積基本不變。
如果在加DEPC水之前,不把這種東西去除掉,跑出的膠圖像經(jīng)常是很亮的smear,或者是三條帶,在28s的上面還有一條莫名其妙的帶出現(xiàn),而且?guī)畏浅2缓谩H绻脴尡M量把這種東西吸除干凈的話,結(jié)果并不能改善多少。試過(guò)酚氯仿重新抽提純化,結(jié)果是幾乎沒(méi)有任何的改善。
這種情況之前碰到過(guò),當(dāng)時(shí)是用新鮮小鼠肝臟做的test,在試了各種方法無(wú)效之后,更換了trisol試劑,結(jié)果立刻就理想了,當(dāng)時(shí)認(rèn)為是trisol過(guò)期或者變質(zhì)之類的原因。但這次trisol是新近購(gòu)買的,才用了三四次而已。并且是在前一天做了一次test,結(jié)果非常好,但第二天就出現(xiàn)這種情況了,可以保證在使用過(guò)程中,試劑沒(méi)有被污染。
打電話給一些公司技術(shù)支持,回答說(shuō)沒(méi)有碰到類似情況,但一個(gè)同事講,他之前也碰到類似的情況,也試過(guò)酚氯仿重抽提,但沒(méi)有效果,而且后面的RT-PCR之類的后續(xù)試驗(yàn)都做不出結(jié)果。總之是只要看到這種東西,整個(gè)試驗(yàn)全都廢了。
想著把這種東西吸出來(lái)送到什么地方去檢測(cè)其成分,但現(xiàn)在還沒(méi)想出什么地方可以提供這種服務(wù)。這種東西應(yīng)該不是普通的油烴,密度比水跟異丙醇的溶液要大,不知是否是氯仿。
現(xiàn)在想請(qǐng)教各位達(dá)人,是否有人碰到同樣情況,如何才能避免,如果避免不了是否有什么可以補(bǔ)救的處理手段。