提取植物組織RNA的要點
從植物組織中提取RNA是進行植物分子生物學方面研究的必要前提。要進行Northern雜交分析，純化mRNA以用于體外翻譯或建立cDNA文庫，RT-PCR及差示分析等分子生物學研究，都需要高質量的RNA。因此，從植物組織中提取純度高、完整性好的RNA是順利進行上述研究的關鍵所在。
從文獻報道上看，有許多植物就是由于未能有效地分離純化其組織中的RNA，而阻礙了其分子生物學方面研究的進展。一般認為在這些植物組織中，或富含酚類化合物，或富含多糖，或含有某些尚無法確定的次級代謝產物，或RNase的活性較高。在完整的細胞內這些物質在空間上與核酸是分離的，但當組織被研磨，細胞破碎后，這些物質就會與RNA相互作用。酚類化合物被氧化后會與RNA不可逆地結合，導致RNA活性喪失及在用苯酚、氯仿抽提時RNA的丟失，或形成不溶性復合物；而多糖會形成難溶的膠狀物，與RNA共沉淀下來；萜類化合物和RNase會分別造成RNA的化學降解和酶解。
對于這些植物材料，用常規的RNA提取方法（如胍法、苯酚法和十六烷基三甲基溴化胺法等）難以提取出其RNA。如Lбpez-Gбmez等在用常規的方法提取芒果果實的RNA時未能成功，他們的結果分為三種情況：提出的RNA已被降解；RNA的得率很低；得到的RNA不能進行體外翻譯。他們認為在果實成熟時各種酶的活性增強，其中也包含RNase，不溶性的淀粉轉化為可溶性的多糖，芒果果實細胞壁中特殊的成份，以及果實中高含量的多酚化合物都是干擾RNA提取的因素。Tesniere等在用苯酚法和胍法提取葡萄果實的RNA時，發現RNA與某種未知化合物凝聚成不溶性的復合物，并且這種未知化合物在230nm和270nm處有強的光吸收，從而干擾了RNA紫外吸收的測定。因此能否有效地去除多糖、酚類化合物、RNase和干擾RNA提取的其它代謝產物是提取高質量植物RNA成敗的關鍵。本文根據文獻綜述了解決上述植物RNA提取過程中難點的相應對策。
1. 防止酚類化合物的干擾
許多植物組織特別是植物的果實（如蘋果、櫻桃、李子、葡萄等）和樹木類植物中富含酚類化合物。酚類物質的含量會隨著植物的生長而增加。因而從幼嫩的植物材料中更容易提取RNA。此外，針葉類植物的針葉中多酚的含量比在落葉植物的葉子中要高得多。在植物材料勻漿時，酚類物質會釋放出來，氧化后使勻漿液變為褐色，并隨氧化程度的增加而加深，這一現象被稱為褐化效應（browningeffect）。被氧化的酚類化合物（如醌類）能與RNA穩定地結合，從而影響RNA的分離純化。但Newbury等發現RNA提取的難易程度與材料中酚類物質的總量之間并無相關性，因此認為不是所有的酚類化合物都影響RNA的提取。但一般認為所謂的“縮合鞣質”即聚合多羥基黃酮醇類物質（如原花色素類物質）是影響RNA提取的一類化合物。目前去除酚類化合物的一般途徑是在提取的初始階段防止其被氧化，然后再將其與RNA分開。
① 防止酚類化合物被氧化
還原劑法：一般在提取緩沖液中加入(-巰基乙醇、二硫蘇糖醇（DTT）或半胱氨酸來防止酚類物質被氧化，有時提取液中(-巰基乙醇的濃度可高達2％。(-巰基乙醇等還可以打斷多酚氧化酶的二硫鍵而使之失活。Su等認為在過夜沉淀RNA時加入(-巰基乙醇（終濃度1％）可以防止在此過程中酚類化合物的氧化。硼氫化鈉（NaBH4）是一種可還原醌的還原劑，用它處理后提取緩沖液的褐色可被消減，醌類化合物可被還原成多酚化合物。
螯合劑法：螯合劑聚乙烯吡咯烷酮（PVP）和聚乙烯聚吡咯烷酮（PVPP）中的CO－N＝基有很強的結合多酚化合物的能力，其結合能力隨著多酚化合物中芳環羥基數量的增加而加強。原花色素類物質中含有許多芳環上的羥基，因而可以與PVP或不溶性的PVPP形成穩定的復合物，使原花色素類物質不能成為多酚氧化酶的底物而被氧化，并可以在以后的抽提步驟中被除去。用PVP去除多酚時pH值是一個重要的影響因素，在pH8.0以上時PVP結合多酚的能力會迅速降低。當原花色素類物質量較大時，單獨使用PVPP無法去除所有的這類化合物，因而需要與其它方法結合使用。
Tris-硼酸法：如果提取緩沖液中含有Tris-硼酸（pH7.5），其中的硼酸可以與酚類化合物依*氫鍵形成復合物，從而抑制了酚類物質的氧化及其與RNA的結合。這一方法十分有效，所以Lбpez-Gбmez等在提取緩沖液中不再加入其它還原劑。但如果Tris-硼酸濃度過高（＞0.2M）則會影響RNA的回收率。
牛血清白蛋白（BSA）法：原花色素類物質與BSA間可產生類似于抗原－抗體間的相互作用，形成可溶性的或不溶性的復合物，減小了原花色素類物質與RNA結合的機會，因此提高了RNA的產量。BSA與PVPP結合使用提取效果會更好。由于BSA中往往含有RNase，因而在使用時要加入肝素以抑制RNase的活性。
丙酮法：Schneiderbauer等用-70℃的丙酮抽提冷凍研磨后的植物材料，可以有效地從云杉、松樹、山毛櫸等富含酚類化合物的植物材料中分離到高質量的RNA。
Guillemant等和Ainsworth認為低pH值（pH5.5）的提取緩沖液可以防止酚類化合物的離子化和進一步的氧化。
② 酚類化合物的去除
通過Li+或Ca2+沉淀RNA的方法可以將未被氧化的酚類化合物去除。與PVP、不溶性PVPP或BSA結合的多酚，可以直接通過離心去除掉，或在苯酚、氯仿抽提時除去。Manning利用高濃度的2-丁氧乙醇（50％）來沉淀RNA，而多酚溶解于2-丁氧乙醇中而被除去。然后用含50％2-丁氧乙醇的緩沖液洗滌RNA沉淀以去除殘留的多酚。他認為即使多酚被氧化，其氧化產物仍可以溶解在高濃度2-丁氧乙醇溶液中而被去除，無需再用NaBH4來處理。
2. 防止多糖的干擾
多糖的污染是提取植物RNA時常遇到的另一個棘手的問題。植物組織中往往富含多糖，而多糖的許多理化性質與RNA很相似，因此很難將它們分開。在去除多糖的同時RNA也被裹攜走了，造成RNA產量的減少；而在沉淀RNA時，也產生多糖的凝膠狀沉淀，這種含有多糖的RNA沉淀難溶于水，或溶解后產生粘稠狀的溶液。由于多糖可以抑制許多酶的活性，因此污染了多糖的RNA樣品無法用于進一步的分子生物學研究。在常規的方法中，通過SDS-鹽酸胍處理可以部分去除一些多糖；在高濃度Na+或K+離子存在條件下，通過苯酚、氯仿抽提可以除去一些多糖；通過LiCl沉淀RNA也可以將部分多糖留在上清液中。但即使通過這些步驟仍會發現有相當多的多糖與RNA混雜在一起，所以還需要用更有效的方法來解決植物RNA分離純化時多糖污染的問題。
用低濃度乙醇沉淀多糖是一個去除多糖效果較好的方法。在RNA提取液或溶液中緩慢加入無水乙醇至終濃度10％～30％，可以使多糖沉淀下來，而RNA仍保留于溶液中。一般都是在植物材料的勻漿液中加入乙醇，如Lewinsohn等在從裸子植物的木質莖中提取RNA時，在勻漿上清液中加入乙醇至終濃度10％以沉淀多糖。但Tesniere等在從葡萄漿果組織中提取RNA時，是在用CsCl超離心，乙醇沉淀之后的RNA溶液中加入終濃度30％乙醇來沉淀多糖的，進一步純化了RNA樣品。
另一個常用的方法是醋酸鉀沉淀多糖法。Bahloul等在提取云杉組織的RNA時在勻漿上清液中加入1/3體積的5M醋酸鉀（pH4.8）溶液以沉淀多糖；Ainsworth在提取酸模植物花組織的RNA時加入的是1/5體積的5M醋酸鉀（pH4.8）溶液。Hughes等在提取棉花葉和花粉的RNA時是加1/3體積的8.5M醋酸鉀（pH6.5）溶液到勻漿液中以除去多糖等雜質。在提取某些植物材料的RNA時，是將上述兩種方法結合使用。如Lбpez-Gбmez等在提取芒果中果皮的RNA時，是在勻漿液中加入0.25體積的無水乙醇和0.11體積的5M醋酸鉀溶液以去除多糖雜質。Su等在去除褐藻的多糖時，單獨使用乙醇或醋酸鉀都無效，只有兩者結合使用效果最佳。
Fang等認為緩沖液中含有高濃度的NaCl有助于去除多糖。Chang等在提取松樹RNA時，緩沖液中NaCl的濃度為2.0M和1.0M，通過氯仿抽提和乙醇沉淀RNA將RNA與多糖分離。Manning是將胡蘿卜種子等材料苯酚提取后的上清液稀釋，調節Na+離子濃度至80mM，然后加入0.4體積的2-丁氧乙醇來沉淀去除多糖。
