動物組織樣品RNA的抽提
動物組織樣品RNA的抽提最基本的要素是防止RNA在抽提過程中降解,以及盡可能得到最高的RNA抽提效率。以下介紹我們實驗室認為最符合以上兩個要素的抽提方法。
一、實驗材料:
Trizol試劑
研缽,勻漿器,鑷子,鋁箔都高溫滅菌即可;
二、具體過程:
1、樣品在離體后應迅速冷凍在液氮中,若是比較大塊的組織,要盡量把組織剪切成黃豆大小的塊,使液氮迅速滲透到組織內部而防止組織內部的RNA降解。組織用鋁箔包好或放入凍存管中,并做好記號,注意不要把記號寫在紙上,以防紙被組織的血水滲透而導致記號模糊。可以把鋁箔放入紗布袋并儲存在液氮中。
2、在抽提RNA前,先把研缽預冷,往研缽內反復加入液氮,至少4-5次,使研缽充分預冷。從液氮罐中取出樣本后,把組織塊放入已預冷的研缽中進行研磨,邊研磨邊加液氮(圖1),整個過程都不要使液氮揮干。一次研磨的組織塊重量不要超過300mg。
圖1 用研缽在液氮中把樣品研成粉末
3、研磨到組織樣品成粉末狀后(一般需要8-10min的研磨過程),在液氮基本揮發完時,在每個研缽中加2-3ml Trizol試劑。由于此時研缽很冷,Trizol加入后會凍結成固體狀(圖2)。可以繼續研磨此固體成粉末(圖3),隨著研缽溫度回升到室溫,固體狀的Trizol逐步回復到液體狀態(圖4),此時,若發現液體很粘,研杵能牽起絲狀物,說明Trizol的量太少,需在此步繼續補加Trizol。若Trizol的量過少,會導致抽提的RNA中有較多的基因組DNA污染。由于Trizol試劑中含有強烈的RNA酶抑制劑,因此組織樣品和Trizol充分研磨混勻后就不用擔心RNA的降解了。
圖2 在冰冷的研缽中加入Trizol試劑后
圖3 繼續把成固體狀的Trizol進行研磨,Trizol試劑會凍結成固體
圖4 隨著研缽的溫度回復到室溫,Trizol試劑逐步又變為液體
4、把此Trizol試劑轉移到玻璃勻漿器中,再進一步勻漿3-5min(圖5)。
圖5 Trizol試劑轉移到玻璃勻漿器中,再進一步勻漿
5、再把Trizol試劑轉移到1.5ml離心管中(圖6),后續可以按照Trizol試劑的標準操作抽提總RNA。
圖6 把Trizol試劑轉移到1.5ml的離心管中
說明:
1、研磨,勻漿過程中使用過的器具放入八四消毒液中浸泡消毒一天后,再用洗滌靈洗刷干凈晾干后泡酸過夜,洗刷晾干后包上鋁箔高壓滅菌后,180℃烘烤4小時以備下次使用。
2、此方法看上去過程雖然比較繁瑣,但得到的RNA質量好,抽提的RNA量比其他方法要高,比如米粒大的胃鏡標本平均能提出約10 g總RNA,足夠做一張人22K全基因組芯片了。得到的RNA的電泳檢測圖片如圖7。 3、另外在我們的工作中,接觸到一些用戶在取了組織后,馬上凍到-70℃冰箱來保存,然后提取RNA做反轉錄,這樣的樣品中RNA往往有較大的降解,用來做一些基因的RT-PCR還可以,但若做芯片工作就不行了。要盡量先液氮速凍。
圖7 用以上方法抽提胃鏡標本的RNA甲醛變性膠電泳圖