microRNA靶標數據庫和識別軟件資源大全
以下是整理的microRNA靶標數據庫和軟件資源列表，希望對microRNA的研究者有所幫助。
（1）miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數據庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟件的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。網址：http://mirbase.org/index.shtml
（2）starBase：一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫,整合和構建多個流行的靶標預測軟件的交集和調控關系。
最新版本發布時間：2010年11月。 網址：http://starbase.sysu.edu.cn/
（3）Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標數據庫。最新版本發布時間：2009年1月（v5）。網址：http://microrna.gr/tarbase/
（4）miRecords：一個整合的microRNA靶標數據庫。整合多個靶標預測軟件的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。網址：http://mirecords.biolead.org/
（5）targetScan: 基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月（v5.1）. 網址：http://www.targetscan.org/
（6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標聯合作用等特征開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。網址：http://pictar.mdc-berlin.de/
（7）PITA：基于靶位點的可接性（target-site accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。網址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
（8）RNA22：基于序列特征預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟件的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。網址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html
（9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發的軟件和數據庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。網址：http://www.microrna.org/microrna/home.do
（10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標數據庫。最新版本發布時間：2010年8月。網址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
（11）miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的數據庫。最新版本發布時間：2010年10月。網址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html
（12）miRGator v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的數據庫。最新版本發布時間：2010年11月。網址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
（13）MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的數據庫。最新版本發布時間：2008年1月。網址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
（14）miRDB: 動物microRNA靶標預測和功能注釋數據庫。最新版本發布時間：2010年8月。網址：http://mirdb.org/miRDB/
（15）RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：v2.1。網址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/
（16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標數據庫。最新版本發布時間：2007年1月。網址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html
其中數據庫中全面和更新快的有：
miRBase： http://mirbase.org/index.shtml
starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/
miRecords: http://mirecords.biolead.org/
miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html
預測軟件假陽性率低的有：
targetScan：http://www.targetscan.org/
PicTar: http://pictar.mdc-berlin.de/
