[RNAi&miRNA] miRNA研究中常用的軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)資源
以下是常用的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件資源列表，希望對(duì)microRNA的研究者有所幫助。
（1） miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。目前miRBase只提供了microRNA的靶標(biāo)的預(yù)測(cè)軟件的鏈接（如：PicTar）。 網(wǎng)址：http://mirbase.org/index.shtml
（2） starBase：一個(gè)高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測(cè)序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)，整合和構(gòu)建多個(gè)流行的靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/
（3） Tarbase：一個(gè)收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：http://microrna.gr/tarbase/
（4） miRecords：一個(gè)整合的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。整合多個(gè)靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的調(diào)控關(guān)系。網(wǎng)址：http://mirecords.biolead.org/
（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的進(jìn)化保守等特征搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因。是預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)假陽(yáng)性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。網(wǎng)址http://www.targetscan.org/
（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶標(biāo)聯(lián)合作用等特征開(kāi)發(fā)的搜尋動(dòng)物的microRNA靶基因的軟件，假陽(yáng)性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。該文章位列miRNA相關(guān)文章引用Top5。網(wǎng)址：http://pictar.mdc-berlin.de/
（7） PITA：基于靶位點(diǎn)的可接性（target-site accessibility）和自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。網(wǎng)址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
（8） RNA22：基于序列特征預(yù)測(cè)microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。是幾個(gè)流行的microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)軟件的其中一個(gè)。IBM公司的研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html
（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開(kāi)發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)。miRanda的最新版本又叫mirSVR。網(wǎng)址：<http://www.microrna.org/microrna/home.do>
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>
（11） miRTarBase：整合實(shí)驗(yàn)證實(shí)的microRNA靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>
（12） miRGator v2.0：整合microRNA表達(dá)、靶標(biāo)和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>
（13） MiRNAMap:動(dòng)物的microRNA基因及其靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>
（14） miRDB: 動(dòng)物microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)和功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://mirdb.org/miRDB/>
（15） RNAhybrid：一個(gè)基于miRNA-target配對(duì)自由能預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)的軟件。網(wǎng)址：<http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址：<http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>
（17） Targetfinder: 使用基于植物的靶標(biāo)罰分策略預(yù)測(cè)小RNA的靶標(biāo)軟件。網(wǎng)址：<http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>
（18） miRU, psRNATarget: 一個(gè)網(wǎng)頁(yè)版的植物microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具。網(wǎng)址：<http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>
（19） CleaveLand:一個(gè)基于mRNA降解組數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)microRNA靶標(biāo)的工具。網(wǎng)址：<https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html>
（20） Target-align：一個(gè)就鑒定植物microRNA靶標(biāo)的工具。網(wǎng)址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php
