siRNA Oligo 設計原則

在所選基因的啟動子后 50-100個堿基自5’-端開始
尋找基因序列中的23個堿基，最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何堿基）
如果找不到四個以上AA（N19）TT，則用 AA（N21）補足。
如果找不到四個以上AA（N21），則用 NA（N21）補足。
所選定序列中，G和C的數目的總和在總數（23）的35-55%.
滿足以上1-5項要求的片段數目如果不足四個，將G和C的數目的總和放寬至總數 （23）的30-70%.
選好上述序列后，以此確定所需合成雙鏈RNA oligo 的序列如下：
正義序列（N19）TT 與上述選定的23 個堿基序列中的第3-23個堿基相同
反義序列的3’----5’ 的序列與目標序列中的第1-21個堿基互補，即A變成T，C變成G， T變成 A， G變成C。
將反義序列3’----5’ 改寫成 5’----3’.
將最后所得序列中除3’- 末端的兩個堿基之外的所有堿基中的T都用U來替代。最后每三個組成一個字節，中間斷開。
將所選定的正義序列和反義序列與gene bank 中已知同物種的基因序列進行比較，確定其唯一性   （BLAST）
上述 7-10 項可見如下例子：
假如通過1-5 項的條件選出的一段23 個堿基的序列是
5’- AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
        正義序列就應該是： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
        反義序列就應該是:    3’- TTCGATCAGTACCGGTAACTG -5’
  反轉處理后即得：

       正義序列： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
       反義序列： 5’- GTCAATGGCCATGACTAGCTT -3’
U替代T以后得到：
     正義序列： 5’- GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT - 3’
     反義序列： 5’- GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT -3’
段開字節后最后得到：
     正義序列： 5’- GCU AGU CAU GGC CAU UGA CTT - 3’
     反義序列： 5’- GUC AAU GGC CAU GAC UAG CTT -3’