在臨床上，常見的或重要的菌屬（種）有：

• 腸桿菌科鑒定：大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌或產酸克雷伯菌、普通變形桿菌或奇異變形桿菌、陰溝腸桿菌或產氣腸桿菌、黏質沙雷菌。

• 非發酵菌鑒定：鮑曼不動桿菌、銅綠假單胞菌、嗜麥芽窄食單胞菌。

• 葡萄球菌屬鑒定：金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌。

• 鏈球菌鑒定：A群鏈球菌或B群鏈球菌、肺炎鏈球菌、草綠色鏈球菌、糞腸球菌或屎腸球菌；

• 弧菌鑒定：副溶血弧菌、創傷弧菌、氣單胞菌屬（選一個種）、類志賀鄰單胞菌。

• 棒狀桿菌鑒定：白喉棒桿菌。

• 奈瑟菌/嗜血桿菌鑒定：腦膜炎奈瑟菌、流感嗜血桿菌或副流感嗜血桿菌、卡他莫拉菌。

• 厭氧菌鑒定：脆弱擬桿菌、厭氧消化鏈球菌。

• 苛養菌鑒定：肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌。

• 微球菌屬細菌鑒定：微球菌屬中選擇一個種（如：藤黃微球菌、玫瑰色球菌等）。

• 芽孢桿菌鑒定：蠟樣芽孢桿菌。

• 李斯特菌屬鑒定：產單核李斯特菌。

• 彎曲菌屬鑒定：空腸彎曲菌或大腸彎曲菌。