常見分類鑒定的方法
在微生物--認(rèn)識三域?qū)W說中學(xué)習(xí)了微生物分類系統(tǒng)中的三域?qū)W說,其以16SrRNA為基礎(chǔ),建立系統(tǒng)發(fā)育樹,獲得微生物的親緣關(guān)系,以達(dá)到劃分類群的目的。今天,主要學(xué)習(xí)在微生物研究中,一些常見的微生物分類的鑒定方法。
在微生物分類鑒定中常用的方法主要分為三大類技術(shù):第一類是以傳統(tǒng)指標(biāo)為基礎(chǔ)的生物分類方式;第二類是以分子生物學(xué)為基礎(chǔ)的分類方式;第三類是自動化或半自動化的鑒定技術(shù)。當(dāng)然,還有其它方式能夠?qū)ξ⑸镞M行分類鑒定。
正常生長狀態(tài)下,微生物是相對穩(wěn)定的,其運動性、細(xì)胞形態(tài)、染色特性以及培養(yǎng)特征等形態(tài)特征,是易于觀察和比較的,能夠明顯區(qū)分微生物的種類。
與分析基因序列信息的過程相比較,通過微生物的生理生化特點進行鑒定分類的過程簡單容易很多。每一種微生物能夠產(chǎn)生特定的酶或特定的代謝產(chǎn)物,以生化技術(shù)驗證特定的代謝產(chǎn)物,同時比較微生物的營養(yǎng)類型、厭氧或需氧、生長適應(yīng)的溫度、滲透壓和PH值的適應(yīng)性,可以對微生物進行鑒定和分類。
分子生物學(xué)的指標(biāo)
G+C mol%是指G+C占基因中全部堿基的分子百分?jǐn)?shù),其表示DNA堿基組成的特征。每一個生物種的GC%有一個特定的范圍,因此可以用作于生物的分類鑒定指標(biāo)。
細(xì)菌的GC在25--75%之間,范圍變化很大,所以GC%主要用于細(xì)菌的分類鑒定。一般用于檢驗形態(tài)學(xué)等表征難以區(qū)分的細(xì)菌,在分子水平上對細(xì)菌進行鑒定分類。
兩個G+C含量相似的生物并不表示它們之間存在相近的親緣關(guān)系,因此,G+C含量更多是用于分類鑒定中的否定。例如,兩個菌株的形態(tài)學(xué)特征與生理生化特征都極具相似,但G+C含量的差別大于5%,則不是同一種菌株,大于15%則不是同一個屬。
不同生物DNA堿基排列順序的異同能夠直接反映生物之間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,堿基之間的同源性越高,則生物之間的親緣關(guān)系越近,反之亦然。
目前,基因測序技術(shù)有了很大的進展,但大批量測序鑒定,依舊是高成本的。直接比較生物的堿基序列信息在現(xiàn)階段是難以普及的。因此,間接比較堿基序列的核酸分子雜交技術(shù)是目前比較常用的。
除此之外,還有生態(tài)特性、血清學(xué)試驗、噬菌體分型、氨基酸順序和蛋白質(zhì)分析等方式對微生物進行鑒定分類。
目前,在微生物實驗室或檢驗機構(gòu)中,有一些自動化或半自動化的微生物鑒定分類系統(tǒng),譬如:API細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)、Enterotube系統(tǒng)和Biolog全自動或手動細(xì)菌鑒定系統(tǒng)等。
這些微生物鑒定系統(tǒng)主要由生物公司或科研機構(gòu)開發(fā)的產(chǎn)品,其原理基于微生物形態(tài)學(xué)、生理生化等特征,能夠快速完成微生物的鑒定分類。