常見分類鑒定的方法
在微生物--認識三域學說中學習了微生物分類系統中的三域學說，其以16SrRNA為基礎，建立系統發育樹，獲得微生物的親緣關系，以達到劃分類群的目的。今天，主要學習在微生物研究中，一些常見的微生物分類的鑒定方法。
在微生物分類鑒定中常用的方法主要分為三大類技術：第一類是以傳統指標為基礎的生物分類方式；第二類是以分子生物學為基礎的分類方式；第三類是自動化或半自動化的鑒定技術。當然，還有其它方式能夠對微生物進行分類鑒定。
正常生長狀態下，微生物是相對穩定的，其運動性、細胞形態、染色特性以及培養特征等形態特征，是易于觀察和比較的，能夠明顯區分微生物的種類。
與分析基因序列信息的過程相比較，通過微生物的生理生化特點進行鑒定分類的過程簡單容易很多。每一種微生物能夠產生特定的酶或特定的代謝產物，以生化技術驗證特定的代謝產物，同時比較微生物的營養類型、厭氧或需氧、生長適應的溫度、滲透壓和PH值的適應性，可以對微生物進行鑒定和分類。
分子生物學的指標
G+C mol%是指G+C占基因中全部堿基的分子百分數，其表示DNA堿基組成的特征。每一個生物種的GC%有一個特定的范圍，因此可以用作于生物的分類鑒定指標。
細菌的GC在25--75%之間，范圍變化很大，所以GC%主要用于細菌的分類鑒定。一般用于檢驗形態學等表征難以區分的細菌，在分子水平上對細菌進行鑒定分類。
兩個G+C含量相似的生物并不表示它們之間存在相近的親緣關系，因此，G+C含量更多是用于分類鑒定中的否定。例如，兩個菌株的形態學特征與生理生化特征都極具相似，但G+C含量的差別大于5%，則不是同一種菌株，大于15%則不是同一個屬。
不同生物DNA堿基排列順序的異同能夠直接反映生物之間親緣關系的遠近，堿基之間的同源性越高，則生物之間的親緣關系越近，反之亦然。
目前，基因測序技術有了很大的進展，但大批量測序鑒定，依舊是高成本的。直接比較生物的堿基序列信息在現階段是難以普及的。因此，間接比較堿基序列的核酸分子雜交技術是目前比較常用的。
除此之外，還有生態特性、血清學試驗、噬菌體分型、氨基酸順序和蛋白質分析等方式對微生物進行鑒定分類。
目前，在微生物實驗室或檢驗機構中，有一些自動化或半自動化的微生物鑒定分類系統，譬如：API細菌數值鑒定系統、Enterotube系統和Biolog全自動或手動細菌鑒定系統等。
這些微生物鑒定系統主要由生物公司或科研機構開發的產品，其原理基于微生物形態學、生理生化等特征，能夠快速完成微生物的鑒定分類。
