用RNase III 消化長片斷雙鏈RNA制備siRNA庫
其他制備siRNA的方法都需要設計和檢驗多個siRNA序列以便找到一個最有效的siRNA。而用RNaseIII降解長片斷雙鏈RNA成為siRNAs庫就象制備一份混合有各種siRNAs“混合雞尾酒”， RNase III的完全降解產物（12—15bp）同樣可以誘導專一的基因沉默，效果與化學合成或者是酶法得到的siRNAs相當。該方法是選擇200—1000bp的靶mRNA，用體外轉錄的方法制備長片斷雙鏈dsRNA，然后用RNaseIII(或Dicer)酶在體外消化，得到一眾siRNAs“混合雞尾酒”。除掉沒有被消化的dsRNA，siRNA混合物就可以直接轉染細胞。由于siRNA混合物中有許多不同的siRNAs，通常能夠保證目的基因被有效地抑制。
主要優點：
1. 可以跳過檢測和篩選有效siRNA序列的步驟，避免化學合成siRNA的昂貴費用，siRNA表達載體的繁瑣勞動，以及為找到一個有效的siRNA 序列所必經的漫長的篩選過程，為研究人員節省時間和金錢（通常用RNAse III通常比用Dicer要便宜），是一種比較簡單粗放、快速、性價比很高的方法。
2. 可能引發非特異的基因沉默，特別是同源或者是密切相關的基因?，F在多數的研究顯示這種情況一般不會造成影響。最近一篇關于RNase III制備的siRNAs和相關的RNA結合蛋白的文章同樣證實沒有非特異基因沉默的發生。在除了哺乳動物細胞以外的其他系統中，可以通過Dicer酶復合物消化長片斷RNA雙鏈，得到針對同一個靶基因多個位點的siRNAs群，從而特異的抑制目的基因的表達。這些結果提示存在某種適當的機制來維護抑制反應的高度專一性。Ambion公司曾經用它的SilencersiRNA Cocktail Kit(RNase III)試劑盒成功關閉幾個基因，包括c-fos, GAPDH, La, ?-actin, 和Ku-70。
3. RNase III能夠消化各種來源的雙鏈RNA。
4. RNase III 得到的12-15bpsiRNAs庫能夠非常有效的抑制基因的表達。在這個siRNAs庫中既有一些有效的siRNAs分子，也有很多無效的siRNAs部分。
5. 導入這種方法制備的siRNA庫，并沒有表現比用化學合成法制備特定的siRNAs更高的毒性或者是對基因表達的非特異效應。
因而，采用RNase III 制備siRNAs混合庫可以成為有別于傳統方法的制備siRNA的另一種好辦法。
適用：1.快速經濟地研究某個基因功能缺失的表型
2.只需要運用RNAi 技術作為遺傳工具，快速得到RNA干擾結果，而無需詳細研究siRNA具體信息的研究人員
不適用：1.長時間的研究項目
2.需要一個特定的siRNA，特別是基因治療
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