Small RNA測序
Small RNA測序
小RNA是一類長度在18-30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等，參與調(diào)控基因表達(dá)、生長發(fā)育、非生物脅迫和病原菌的侵害等過程。
利用第二代高通量測序技術(shù)，對特定狀態(tài)下的組織的small RNA進(jìn)行測序，對獲得的小 RNA 序列進(jìn)行分析、鑒定，同時還可以預(yù)測新的miRNA，并對鑒定出的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測和功能分析。
應(yīng)用領(lǐng)域：
樣本全轉(zhuǎn)錄本信息獲取
基因注釋及篩選
基因結(jié)構(gòu)分析
產(chǎn)品優(yōu)勢：
技術(shù)穩(wěn)定性好：技術(shù)穩(wěn)定，建庫穩(wěn)定性好
檢測精度高：幾百萬級深度檢測，可以檢測出低豐度small RNA
分析內(nèi)容多方面：不僅可以分析microRNA，還可以分析siRNA
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1.測序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制：
測序堿基質(zhì)量值
測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
2.sRNA分類注釋：
ncRNA及重復(fù)序列注釋
與參考基因組比對
公共及特有序列分析
3.miRNA分析：
miRNA鑒定、
miRNA堿基偏好性分析
miRNA堿基編輯分析
miRNA家族分析
4.miRNA表達(dá)量分析：
miRNA定量、
miRNA表達(dá)量總體分布
5.miRNA差異表達(dá)分析：
差異表達(dá)miRNA篩選、
差異表達(dá)miRNA聚類分析
6.miRNA靶基因預(yù)測
7.差異表達(dá)miRNA靶基因注釋：
差異表達(dá)miRNA靶基因的GO分類
差異表達(dá)miRNA靶基因GO富集層次分析
差異表達(dá)miRNA靶基因的COG注釋、
差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG注釋
差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG通路富集分析
樣品要求：
1.樣品類型：總RNA；
2.樣品濃度：總RNA濃度≥350 ng/ul；
3.樣品總量：總RNA用量>6ug；
4.樣品純度： OD260/280為1.8~2.2，260nm處有正常峰值；
5.RNA完整性：總RNA 28S/18S≥1.5； Small RNA要求電泳后有單一5S條帶。（距送樣日最近的電泳結(jié)果）
