生物信息數據庫整理
1.綜合數據庫
INSD,國際核酸序列數據庫(International Nucleotide Sequence Databank)由日本 的DDBJ、歐洲的EMBL和美國 的GenBank三家各自建立和共同維護
EMBL庫,歐洲分子生物學實驗室的DNA和RNA 序列庫
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
GenBank ,美國國家生物技術信息中心 (NCBI)所維護的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數據庫
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸數據庫
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GSDB是由美國國家基因組資源中心(NCGR)維護的DNA序列關系數據庫(Genome Sequence DataBase)
http://www.ncgr.org/gsdb/
TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA數據庫,還有大量的EST序列和人類基因索引(HGI)
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
2.DNA序列和結構數據庫
包括與DNA的復制、轉錄、修復等有密切關系的蛋白質因子
BioSino是中國 自主開發的核酸序列公共數據庫
http://www.biosino.org/
CUTG,密碼子使用頻度表
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
EPD,真核生物啟動子數據庫(Eukaryotic Promotor Database)
http://www.epd.isb-sib.ch/
TRANSFAC,真核生物基因表達調控因子的數據庫
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
TRRD.真核生物基因組轉錄調控區數據庫
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
OOTFD,轉錄因子和基因表達數據庫
http://www.ifti.org/
RepBase,真核生物DNA中重復序列數據庫
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
MicroSatellite,微衛星重復序列數據庫
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
ALU數據庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復片段
http://ncbi.nlm.nih.gov (/pub/jmc/alu/)
Simple Repeats,簡單重復序列庫
http://ncbi.nlm.nih.gov/ (責任編輯:大漢昆侖王)
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