染色體步移技術(shù)(genome walking)簡介
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染色體 步移技術(shù)(genome walking)是一種重要的分子生物學(xué)研究技術(shù),使用這種技術(shù)可以有效獲取與已知序列相鄰的未知序列。染色體步移技術(shù)主要有以下幾方面的應(yīng)用:
①根據(jù)已知的基因或分子標記連續(xù)步移,獲取人、動物和植物 的重要調(diào)控基因,可以用于研究結(jié)構(gòu)基因的表達調(diào)控。如分離克隆啟動子并對其功能進行研究;
②步查獲取新物種中基因的非保守區(qū)域,從而獲得完整的基因序列;
③鑒定T-DNA或轉(zhuǎn)座子的插入位點,鑒定基因槍轉(zhuǎn)基因法等轉(zhuǎn)基因技術(shù)所導(dǎo)致的外源基因的插入位點等;
④用于染色體測序工作中的空隙填補,獲得完整的基因組 序列;
⑤用于人工染色體PAC、YAC和BAC的片段搭接。
對于基因組測序已經(jīng)完成的少數(shù)物種(如人、小鼠、線蟲、水稻、擬南芥等)來說,可以輕松地從數(shù)據(jù)庫中找到某物種已知序列的側(cè)翼序列。但是,對于大多數(shù)生物而言,在不了解它們的基因組序列以前,想要知道一個已知區(qū)域兩側(cè)的DNA序列,只能采用染色體步移技術(shù)。
以PCR技術(shù)為基礎(chǔ)的染色體步移的主要問題是,在預(yù)先不了解未知區(qū)域序列信息的情況下,如何設(shè)計兩個特異性引物來擴增未知區(qū)域。而傳統(tǒng)的染色體步移方法,如:反向PCR法、連接接頭法等,都有操作復(fù)雜、非特異性擴增、連接效率低等弊端。
TaKaRa新產(chǎn)品之Genome Walking Kit試劑盒是一種根據(jù)已知基因組DNA序列,高效獲取側(cè)翼未知序列的試劑盒。相對于其它傳統(tǒng)方法,本試劑盒具有高效、簡便、特異性高、靈敏度高、一次性獲得的未知序列較長等特點。其主要原理是根據(jù)已知DNA序列,分別設(shè)計三條同向且退火溫度較高的特異性引物(SP Primer),與試劑盒中提供的四種經(jīng)過獨特設(shè)計的退火溫度較低的兼并引物,即AP1、AP2、AP3、AP4進行熱不對稱PCR反應(yīng)。
通常情況下,其中至少有一種兼并引物可以與特異性引物之間利用退火溫度的差異進行熱不對稱PCR反應(yīng),通過三次巢式PCR反應(yīng)即可獲取已知序列的側(cè)翼序列。如果一次實驗獲取的長度不能滿足實驗要求時,還可以根據(jù)第一次步移獲取的序列信息,繼續(xù)進行側(cè)翼序列獲取。此外,本試劑盒中還含有Control DNA及Control Primer,可以方便進行Control實驗。
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